Se você escolher seu domínio preferido como https://domain.com ou https://www.domain.com não afetará seu SEO, mas você precisa garantir que seu site seja acessível em apenas um deles, pois são considerados URLs diferentes pelo Google.
Vá para: Configurações> Geral. Aqui você pode escolher seu domínio preferido:
Endereço do WordPress / Endereço do site (URL)
A outra versão do domínio será redirecionada para o seu domínio preferido. Se você estiver lançando um novo site, sinta-se à vontade para escolher qualquer uma das opções, mas se estiver substituindo um site existente, certifique-se de usar a mesma versão usada historicamente.
Como uma nota lateral para isso, você precisa ter um certificado SSL em vigor e executar seu site usando HTTPS. Se você não tiver um certificado instalado, fale com seu provedor de hospedagem ou desenvolvedor ou explore a solução gratuita Let’s Encrypt.