Para que servem exatamente as entregas e faturas no Magento, qual é o processo correto a se adotar para gerar elas?
Faturas
Podemos dizer que a fatura se equivale ao status de “pagamento realizado ou confirmado”, é o momento o qual você emite o “recibo” da compra.
Para todos os pedidos deverá ser emitido a fatura.
Entregas
As entregas devem ser geradas para todos os pedidos a partir do momento que você o encaminhou para entrega.
Durante a criação da entrega você deverá informar o código de rastreio, para que o seu cliente possa estar acompanhando o envio.
Fluxo do pedido
Primeiro você emite a Fatura após a confirmação do pagamento.
Depois você gera a entrega já com código de rastreio em mãos.
É muito importante você emitir as faturas e entregas corretamente. Vários módulos utilizam dessa informação para funcionarem corretamente, principalmente os módulos de BI / Dashboard / Relatórios.
Conclusão
Você pode simplesmente criar 2 ou 3 status e utilizar eles, sem se preocupar com as faturas e entregas.
Não necessariamente você está fazendo a coisa errada. Você como lojista tem que ter um fluxo de trabalho compatível com seu tempo disponível.
Já como desenvolvedor, obrigatoriamente você tem que seguir o fluxo de pedido estabelecido pela plataforma até para não entrar em conflito com outros módulos.