Mesmo que tanto os Repositórios quanto as Fábricas nos permitam acessar uma Entidade, acho que devemos nos concentrar em sua responsabilidade.
Da documentação do Magento: “As fábricas são classes de serviço que instanciam classes não injetáveis, ou seja, modelos que representam uma entidade de banco de dados. Elas criam uma camada de abstração entre o ObjectManager e o código de negócios.”
Do artigo de Alan Storm: “Um objeto de repositório é responsável por ler e gravar suas informações de objeto em um armazenamento de objetos”
Minha interpretação é: Se nosso propósito é trabalhar com objetos não injetáveis (chamados “novos”), devemos usar Fábricas; se nosso foco for pesquisar/ler/escrever objetos dentro de um armazenamento de objetos, devemos usar Repositórios.
Se existe um repositório e ele faz bem o que você precisa, sempre prefira o repositório.
Os repositórios fazem parte dos Contratos de Serviço (são implementações de interfaces em Api), ou seja, são uma interface pública para outros módulos.
Use repositórios para carregamento completo
$model->load() não faz parte do contrato de serviço.
Eu tinha uma pergunta sobre esse tópico específico, você pode achar as respostas úteis: Existe alguma razão para preferir $model->load() sobre contratos de serviço?
Use Factories para criar novas entidades
Use Factories de Coleta se precisar de mais controle
O seguinte não é a melhor prática oficial do Magento, mas atualmente, os repositórios não dão a você um controle preciso sobre o que carregar.
A API de critérios de pesquisa permite definir filtros, mas, por exemplo, não há como selecionar atributos EAV específicos ou especificar quais tabelas de índice devem ser unidas.
Esses são detalhes de implementação, ocultos das APIs do contrato de serviço, mas geralmente esses detalhes de implementação são importantes e você obtém um desempenho ruim se ignorá-los.
Por esse motivo, assim que os repositórios estão me limitando, não hesito mais em usar as coleções subjacentes.