Como adicionar um item ao Carrinho com Preço Personalizado no Magento 2
Exemplo a seguir utiliza do Object Manager, faça as adaptações necessárias para que seja compatível com seu Model, Controller, utilizando das boas praticas do Framework
$formKey = $this->_objectManager->create('\Magento\Framework\Data\Form\FormKey')->getFormKey();
$product = $this->_objectManager->create('Magento\Catalog\Model\Product');
$cart = $this->_objectManager->create('Magento\Checkout\Model\Cart');
$params = [];
$params['qty'] = 1;
$params['form_key'] = $formKey;
$params['product'] = 2; /* ID do produto*/
$_product = $product->load(2);
$cart->addProduct($_product, $params);
$cart->save();
Após isso modifique o preço do item no Carrinho
$items = $cart->getQuote()->getAllItems();
foreach($items as $item) {
/* criei uma condição para encontrar o item que deseja alterar o valor */
$item->setCustomPrice(999);
$item->setOriginalCustomPrice(999]);
$item->getProduct()->setIsSuperMode(true);
$item->save();
}