Exemplo de código a ser utilizado para atualizar um atributo personalizado de um Produto no Magento 2.
No exemplo estamos utilizando o ObjectManager para instanciar o objeto, você deverá incluir a dependência no construtor de sua classe em seu módulo.
$id_do_produto = 100;
$productRepository = $this->_objectManager->get('\Magento\Catalog\Api\ProductRepositoryInterface');
$product = $productRepository->getById($id_do_produto);
$product->setNome_do_atributo( 'valor_a_ser_alterado' );
$product->getResource()->saveAttribute( $product, 'nome_do_atributo');